З середини 80-х років колектив ВНЗ, очолюваний професором В.М.Платоновим, спрямував усі зусилля на вдосконалення своєї діяльності відповідно до нових соціально-економічних умов. Найважливішим досягненням цього періоду стало вдосконалення системи спеціальної освіти. Почав функціонувати новий навчально-спортивний корпус Національного університету фізичного виховання і спорту України;

З урахуванням потреб ринку праці на базі університету було створено науково-методичну комісію з фізичного виховання і спорту Міністерства освіти та науки України:

- впроваджено систему галузевої ступеневої освіти;

- внесено до державного переліку підготовки фахівців з вищою освітою нові спеціальності;

- якісно вдосконалено зміст підготовки, впроваджено сучасні освітні технології, зорієнтовані, передусім, на підготовку кадрів з оздоровчої фізичної культури, рекреації, фізичної реабілітації тощо;

- було реалізовано перспективну програму розбудови та модернізації матеріально-технічної бази з метою досягти рівня міжнародних стандартів (введено в дію сучасний оздоровчо-рекреаційний комплекс, оснащений сучасним обладнанням, реконструйовано плавальний басейн, створено центр більярдного спорту, переобладнано зали спортивних ігор, упорядковано територію університету). Державну премію України в галузі науки і техніки 1999 року за підручники "Олімпійський спорт" та "Общая теория подготовки спортсменов в олимпийском спорте", які побачили світ у видавництві університету, ректору НУФВСУ професору Володимиру Платонову вручає президент України Леонід Кучма.

Зокрема, за останні п'ять років було створено нові структурні підрозділи, які забезпечують реагування ВНЗ на необхідність підготовки фахівців для нових видів діяльності, пов'язаних із задоволенням потреб населення у нетрадиційних фізкультурно-оздоровчих послугах:

- факультет здоров'я людини і фізичного виховання

- кафедра біології спорту

- кафедра спортивної медицини
- кафедра теоретичної та клінічної морфології людини
- кафедра гігієни й екології
- кафедра теорії і практики лікувально-діагностичного процесу.

З метою науково-методичного забезпечення підготовки українських спортсменів для участі у найпрестижніших міжнародних змаганнях - Олімпійських іграх, чемпіонатах світу і Європи тощо в 1993 році на базі проблемної лабораторії було утворено Державний науково-дослідний інститут фізичної культури і спорту. Це дозволило ВНЗ у 1993 році здобути статус Українського державного університету фізичного виховання і спорту, а з 1998 року стати Національним університетом фізичного виховання і спорту України і отримати право вважатися навчально-методичним та науковим центром галузі. Відповідно до нових вимог з підготовки кадрів було здійснено структурну реорганізацію. На базі наявних у НУФВСУ наукових шкіл й давніх традицій здійснення високоефективних досліджень у жовтні 2004 р. було створено Науково-дослідний інститут Національного університету фізичного виховання і спорту України для вирішення фундаментальних теоретичних і практичних наукових проблем фізичної культури і спорту в Україні, підвищення ефективності наукових кадрів, впровадження досягнень науки у навчальний процес університету. Організаційна структура ВНЗ сформована таким чином, що дає можливість перебудовувати навчальну та наукову роботу відповідно до змісту державного замовлення та потреб ринку праці. Співробітники університету відзначені почесними званнями України.

Одним з найважливіших чинників ефективного функціонування університету є постійне вдосконалення структури та якісного складу його науково-педагогічного персоналу.

Викладацький склад університету завжди славився висококваліфікованими педагогами. Серед них є спеціалісти, відзначені почесними званнями України: заслуженого діяча науки і техніки - Володимир Платонов,  Марія Булатова, Віталій Левенець; заслуженого працівника народної освіти - Юрій Шкребтій, Михайло Ібрагімов, Сергій Матвєєв; заслуженого працівника фізичної культури і спорту - Мирослав Дутчак, Юрий Гаммерштедт, Віталій Поліщук, Михайло Воробйов, Віталій Ковянов, Валерій Бойко, Генадій Лисенчук, Микола Повисший  та ін. В університеті функціонує система підготовки науково-педагогічних кадрів вищої кваліфікації, складовими ланками якої є аспірантура і докторантура, яку закінчили понад 500 фахівців.

Зміна орієнтації фізкультурної освіти та наукових досліджень зумовила потребу у вдосконаленні науково-методичного забезпечення фахової освіти, створенні нового покоління підручників, посібників, навчальної та наукової літератури. З цією метою 1994 року у ВНЗ створено новий структурний підрозділ - видавництво "Олімпійська література", що видало понад 50 книг, засновано фахові періодичні видання "Наука в олимпийском спорте" і "Теорія та методика фізичного виховання і спорту".